У меня с каулерпой была похожая ситуация - пропала очень быстро всего дней за 5, но похоже это было ситуация с половым размноженемием этой водоросли, были большие проблемы с качеством воды, загнулось часть обитателей рифа, поэтому перешел после этого на химическую динитрофикацию с помощью сульфатных динитрофикаторов.